上海国际航运中心的建造不仅体现在海上航道上，内河航道、内河港口的建设也至关重要，编织四通八达的航道网对上海国际航运中心的建造具有重要意义。
上海国际航运中心的建造过程中，一直把长江水运发展作为推进国际航运中间建造和经济社会发展的重要战略行动，着力“织造”高等级航道网建造，不断优化港口集疏运系统，大力推进7条高等级内河航道、2个内河集装箱港区等重点建造使命。保证货代公司、货主运输方便。
上海活跃创新内河水运运作形式，探究“定装卸港口、定运送线路、定班轮船期、定运送时刻、定全程运价”的“五定”事务形式，促进了沿江物流周转功率和效劳水平的提高。上海还不断探究干线集装箱船只“两船套泊”新办法和洋山主航道双向通航水上监管效劳新形式，加强了深水航道13.5米深吃水船只飞行和85米船只交汇宽度常态化研究，成功完成了长江口深水航道超宽船只交会实验。上海树立全国船只买卖信息渠道，会员单位包括长江沿线10余家买卖组织。现代航运效劳系统框架开始形成，航运效劳辐射规模由长江流域向全国延伸。
一系列内河航道的建成，形成一个巨大的航道网，以上海国际航运中心为中心，联系起来兄弟省份沿海港口协作，形成了港口、航运及物流三大协作系统。
